本院 98 年發表的期刊論文、會議論文及專書等各類著作有 4 千 1 百多篇，其中收錄於 SCI、SSCI 及 A&HCI 的論文共有 1,702 篇，平均一人 2.15 篇。現特精選並以專文介紹 17 項重要成果，涵蓋數理科學、生命科學、人文及社會科學 3 大領域過去一年之研究內容。
數理科學組現有 7 個研究所、1 個研究所籌備處及 3 個研究中心。依據 WOS，98 年平均每位研究人員收錄於 SCI, SSCI 及 A&HCI 之論文達 3.71 篇；期刊論文、會議論文及專書等各類著作發表 1 千 5 百多篇（本）（資料來源：中央研究院 98 年度論文目錄），平均每位研究人員發表 5.2 篇（本）。數理科學組在基礎研究方面已累積深厚的實力，其中有些重要的成果對社會與科技的發展影響深遠，例如以極為精確的方式測量過氧化氯分子的紫外光吸收截面積，從而確定臭氧洞形成的模型；仔細分析全球降雨觀測數據的變化，以推論全球暖化將造成極端降雨事件發生的潛在風險遠大於聯合國的報告；另外，還包括以自行發展的光學顯微術量測到細胞膜主動波紋之三維傳播性等等。
生命科學組現有 5 個研究所及 3 個研究中心。依據 WOS 網址資訊，98 年平均每位研究人員收錄於 SCI, SSCI 及 A&HCI 之論文達 3.11 篇；期刊論文、會議論文及專書等各類著作發表 8 百多篇（本）（資料來源：中央研究院 98 年度論文目錄），平均每位研究人員發表 4.2 篇（本）。生命科學組的研究涵蓋人類重要疾病之機制、新藥之發現及結構及作用機制之研究、癌症標誌及疫苗之研發、免疫反應的調控機制、基因表現調控與突變修復之機制、細胞分裂的調控、植物對氮、磷的吸收運送的調控、物種演化的機制等，在基礎與應用上，都有重要的貢獻。
人文及社會科學組現有 9 個研究所、2 個研究所籌備處及1個研究中心。98 年發表期刊論文、會議論文及專書等各類著作 1 千 7 百多篇（本）（資料來源：中央研究院98年度論文目錄），平均每位研究人員發表 5.5 篇（本）。人文及社會科學組的研究人員一如既往，著力各方面的研究，包括：中國醫學史、日治時期的臺灣研究、明清研究等。此外，還包括以結合史學及人類學角度，探討早期北亞游牧民族如何面對漢帝國；從制度史的角度探討日本的殖民技藝；以民族誌調查方式探討達悟族的精神失序問題；從雲南移民的走私貿易看緬甸的日常政治；在政治哲學領域中探討憲政基本價值；在美術史學領域中，對十八世紀中國山水畫作出一個新的理解等。
2009 重要研究成果摘要