過去一年，本院發表期刊論文、會議論文及專書等各類著作多達 4 千多篇（本），碩果累累，足見院內 31 個研究所（籌備處）及研究中心，匯聚眾多優秀人才，極具生產力。這些著作是院內同仁辛勤耕耘的成果，代表科學向前邁進，人類生活品質得以提升，以及對大自然、社會更深入的了解。
依統計數字看來，本院收錄於 SCI、SSCI 及 A&HCI 之論文篇數逐年增加，97 年已達 1,657 篇，平均一人 2.14 篇；另據美國科學資訊所（Institute for Scientific Information，ISI）出版之「基本科學指標（Essential Science Indicators）」資料顯示，本院在過去十年平均每篇論文被引用次數亦高達 9.45 次，較台灣大學的 7.17 次以及華人地區中的新加坡大學 8.17 次、香港中文大學 8.82 次及北京大學 6.22 次，表現為優。
本院每年編輯重要研究成果專刊，目的是為了與社會各界分享我們一年以來的成果。本冊介紹論文及專書共 67 篇（本），內容涵蓋各個學科領域：在人文及社會科學方面，或論及台灣的文化政治變遷，或探討自然與人為互動，或對中古佛教與社會作深入研究；在數理科學方面，一篇篇的精彩論文，研究對象包括鐵晒化合物的超導性質、非連續型酵母菌轉錄因子的結合特徵、星系間的重力交互作用等等；至於生命科學方面，研究人員費盡心機，證實降膽固醇藥物可有效對抗致病性金黃色葡萄球菌，又在「克流感」及「零流感」的製程上取得重大突破。
學術研究工作是深耕事業，通常要累積多年的努力，方才看得出成果。本院長期致力於若干強項領域的研究，在奈米科學、粒子物理學、表面科學、材料科學、化學動力學、化學生物學、地球、大氣及宇宙科學、基因體醫學、結構生物學、明清研究、台灣研究及計量經濟學等領域上已取得重要成就。未來仍將從現有的研究成果基礎出發，選擇中長程具有發展潛力的前瞻性、突破性領域，配合科技整合潮流，推動跨領域的整合型研究，並兼顧應用科技，以協助促進國內高科技產業的發展。
台灣的知識經濟如要能夠持續成長，關鍵在於不斷創新；新興的基礎研究能為產業奠基，再配合技術轉移將可帶動經濟發展。當前轉譯醫學、生質能與太陽能、環境與地球暖化問題、基因轉殖與幹細胞、知識經濟與文化產業等，都是有待進一步開發的研究領域。本院日後將仍以此為目標，為提升我國經濟及人民生活水平而努力。
2008 重要研究成果摘要