本院同仁為追求卓越學術成績，終日致力反研究工作，累積相當傑出的成果，許多突破性研究已被國際學術界肯定。在過去 11 年，本院被 SCI, SSCI, A&HCI 收錄的學術論文，從 1997 年發表 701 篇增至 2007 年 1,527 篇，而被 ESI 資料庫 ( 1997 年 1 月至 2007 年 12 月 ) 收錄的論文總篇數累計約有 10,855 篇，被引用的次數計達 99,305 次，平均每篇論文被引用 9.15 次。其中，排序前 1% 論文數有 117 篇，排序前1%論文數與總論文數之比例為 1.081%，與過去相比本院研究論文近年在質與量都有明顯進步。此外，本院同仁獲得國內外學術研究獎項(殊榮)、大型資料庫建置、研發成果專利技轉等各類成果，每年均有斬獲。
為將此豐碩研究成果介紹給社會大眾，我們從 96 年發表的 3,600 多篇(本)專書(論文)精選 30 篇主文及 32 篇摘要刊出，內容涵括數理科學、生命科學、人文及社會科學三大領域之研究成果。
本院數理科學組八個研究所及二個研究中心的研究人員在 2007 年共發表了 1,375 篇論文，平均每位研究人員為 5.17 篇，研究的範圍相當廣泛，它涵蓋了微分幾何的問題，黑洞在“超空間"的特性，原恆星的形成，並發展自動學習的方法以提升剖析語法結構的效能。也有很多研究工作針對分子或奈米結構，例如確定了影響氯原子與甲院反應速率的因素，發現一個新的氧化機制將可幫助製造甲醇，及發展出一個簡單的運算方式來預測奈米電晶體元件之電流或電壓。在追求學術卓越時，也能產生一些有用的價值，例如以空載電射掃描接術測量台灣斷層地表形貌，發展出一個三維觀測導向模式來監測南台灣臭氧的產生速率，並發展出統計計算方法成功的找出五個與肺癌有關的基因。
生命科學組五個研究所及三個研究中心的研究人員在 2007 年共發表了 906 篇論文，平均每位研究人員為 4.57 篇，內容涵蓋了新藥之發現及結構/機制之研究、腫瘤病理及預防之研究、細胞生理及凋萎之研究、神經退化性疾病之治療之研究、基因構造暨 DNA/RNA 調控、發展生化探針及以電荷測量的雷射聲波振動質譜儀測量細胞及微粒子等，在此眾多論文中特選出十篇代表作及九篇摘要以饗讀者。
人文及社會科學領域(九個研究所、二個轉備處、一個研究中心)的研究人員 2007 年發表的論文約有 1,326 篇、專書 46 本，涵蓋範圍廣泛。其中有不少研究是以現代化角度來探討中國歷史性議題，尤其是從近代中國如何因應西方挑戰如何現代化的議題。譬如此次重要成果中就包括從此等角度對中國嘛瘋史的重新探討，對中國重要思想家馮友蘭思想變化的研究，對湖南女富的文本分析，十九世紀末鹿港泉郊商人及兩岸質易網絡形成的研究等。對比較近的議題的探討，則包括如對現代性的政治反思，對亞洲民主的動態調查，以及對 1960 至 1990 年臺灣國家權力與家族企業之間的網絡關係的探討，對歐盟憲法的研究，以一般均衡理論探究產業升級或外移的問題，以及對萬山魯凱族語言語法的研究等。
2007 重要研究成果專刊